Birinci Dünya Savaşı sırasında Jön Türklerin soykırım politikası, Batı Ermenilerinin 1915-1923 katliamları ve zorunlu tehcirleriyle sınırlı kalmadı. Bu politika, Türkiye, Müsavat Azerbaycan tarafından Doğu Ermenilerin hakkında da uygulandı; 1918-1920’da Bakü vilayetindeki Ermeniler katledildi ve tehcir edildiği. 3. ve 4. Türk birliklerinin mayıs 1918’de Sardarapat ve Bash Aparan muharebelerinin yenilgisinden ve Karakilisa’nın alınmasından sonra, ikinci birlik, Jajur-Hamamlu-Gharakilisa-Dilican-Kazak-Elizavetpol hattıyla Bakü’ye ulaştı. Türklerin Bakü'ye girişi, Azerbaycan Demokratik Cumhuriyeti'nin Gandzak’ta (M. Fatali Khan-Khoyski başkanlığında) yeni kurulan Müsavat hükümeti tarafından büyük ölçüde desteklendi.

Türk-Musavat işbirliği, Kafkas Türk Ordusu Başkomutanı Korgeneral Nuri Paşa'nın 27 Mayıs'ta Musul'dan Gandzak'a gelmesiyle daha da belirginleşti. Mayıs 1918'de, Azerbaycan hükümeti ve Müsavat Partisi ile Gandzak'ta yapılan gizli bir toplantıda, Nukhi, Aresh, Gyokcha, Shamah ve Bakü vilayetlerinde Ermenilerin katledilmesi için planlar yapıldı. Bu bağlamda Azerbaycan Cumhuriyeti İçişleri Bakanı Behbud Khan-Jivanshir'in katliamlardan önce Nukhi, Shamah ve Bakü belediye başkanlarına verdiği gizli emir dikkat çekicidir: “Cesetlerinin üzerinden geçme hedeflerimize ulaşmak için Ermenileri yok etmek gerekiyor. Kimseyi esirgemeyin ve size verilen talimatları sadakatle takip edin.”

Türk birlikleri 15 Haziran'da Bakü'de askeri operasyonlar başlattı. Bu eylemlere yerel Ermeni nüfusuna yönelik katliamlar eşlik etti. Bu şartlar altında Bakü Ermenileri, fiziki varlıklarını sürdürmek için meşru müdafaaya başvurdular. Kısa bir süre sonra Kuzey Kafkasya'dan Sebastatsi Murad (Murad Khrimyan), Sepuh (Arshak Nersisyan) ve Stepan Tsaghikyan Bakü savunucularının yardımına geldi. Ancak Ağustos ayının ilk günlerinin kahramanca muharebelerinde Sebastatsi Murad öldürüldü ve Bakü meşru müdafaa güçleri ağır kayıplar pahasına düşmanın ilerlemesini engelleyebildi. Bir ay içinde Bakü karadan tamamen kuşatıldı; dış dünya ile sadece Hazar Denizi üzerinden iletişim halindeydi. Türk-Tatar kuvvetlerinin ezici üstünlüğüne rağmen, Bakü'nün savunması 14 Eylül’e kadar sürdü. Devam eden çatışmalar sayesinde Ermeni nüfusu şehir dışına taşımak için zaman kazanmayı başardılar.

Bakü’nün 100.000 kişilik Ermeni nüfusunun sadece 50.000’i yer taşınabildi. 15 Eylül’de saat 12’de Türk birlikleri şehri işgal etti. Mürsel Paşa, Nuri Paşa adına yerel ve uluslararası kuruluşlara “sivil nüfusun can ve mal güvenliğinin teminatını” vermiş olmasına rağmen, Türk subaylarının yönetimiyle Türk-Tatar eşkıyaları, üç gün boyunca 30.000 Ermeni’yi vahşice katletti (15-17 Eylül).

Bakü şehrinde (eskiden Bakü eyaletinde) Türk düzenli ordusu ve Tatar haydutları, Batı Ermenistan’da, Osmanlı İmparatorluğu’nun Ermeni nüfuslu bölgelerinde Ermenilere yönelik soykırımı sürdürüyor.