Հայոց ցեղասպանության տարիներին Միջագետքի անապատներ աքսորված հայ գաղթականների ճակատագրին հետամուտ է լինում Մեծի Տանն Կիլիկիո կաթողիկոս Սահակ Բ Խապայանը: 1915 թ. կաթողիկոսանիստ Սսի Մայրավանքից Սահակ կաթողիկոսը տեղափոխվում է Հալեպ, կազմում Գաղթականաց օգնության հանձնախումբը, օգնության խնդրանքով դիմում Կ.Պոլիս և արտասահման: Կաթողիկոսը հանդիպումներ է ունենում Հալեպի նահանգապետ Ջելալ բեյի հետ` թույլտվություն ստանալով մի քանի քահանաների գործունեության համար, ովքեր գաղթականներին աջակցելու նպատակով մեկնում են Բապ, Մամբուջ, Դեր Զոր, Իդլիբ, Մաարա։ Անապատներից Հալեպ հասնող գաղթականների հոսքին զուգընթաց՝ երիտթուրքական կառավարությունը խոչընդոտում է Գաղթականաց հանձնախմբի գործունեությունը՝ մինչև անգամ ձերբակալելով Հալեպի Ազգային առաջնորդարանի փոխանորդ Հարություն ավագ քահանա Եսայանին և մի շարք այլ հոգևորականների: Գաղթականաց հանձնաժողովը նոր կազմով շարունակում է գործել Տեր Խաչատուր քահանա Պողիկյանի գլխավորությամբ՝ Հալեպում վերահսկելով շուրջ 800 որբերով երեք որբանոց:

1915 թ. հոկտեմբերին Ներքին գործերի նախարար Մեհմեդ Թալեաթի հրամանով Սահակ կաթողիկոսն աքսորվում է Իդլիբ: Սակայն 1916 թ. օգոստոսի 9-ին, ստանալով Կաթողիկոս-Պատրիարք բովանդակ Հայոց Թուրքիո տիտղոսը, նա տեղափոխվում է Երուսաղեմ և շարունակում կազմակերպել հայ գաղթականների ապաստարանի և խնամքի գործը: 1918 թ. Սիրիայի, Լիբանանի և Երուսաղեմի ազատագրումից հետո Սահակ կաթողիկոսը հանդիպումներ է ունենում Սիրիայի էմիր Ֆեյսալի հետ` երաշխիքներ ստանալով հայ գաղթականների տեղավորման, ինչպես նաև մուսուլման ընտանիքներից հայ երեխաների ազատագրման գործին օժանդակելու հարցում: Միևնույն ժամանակ կաթողիկոսի աջակիցներ Պետրոս եպիսկոպոս Սարաճյանն ու Եղիշե եպիսկոպոս Չիլինկիրյանը Դամասկոսում և Հալեպում կազմակերպում են գաղթականների ապաստարանի հարցը:

1919 թ. սեպտեմբերին կիլիկիահայության հետ Սահակ կաթողիկոսը վերադառնում է Ադանա: Նա բոլոր գաղթավայրերի հոգևոր առաջնորդներից պարբերաբար գաղթականների վիճակացույցեր էր պահանջում՝ օգնությունն ըստ անհրաժեշտության կազմակերպելու նպատակով: Կաթողիկոսն անձամբ է վերահսկում Կիլիկիայի ազգային որբանոցների աշխատանքը, հետամուտ լինում օտարերկրյա կազմակերպությունների կողմից ֆինանսավորվող որբանոցների վիճակին և որբերի հետագա ճակատագրին: Նա թղթակցում է նաև Սիրիայի և Կիլիկիայի ֆրանսիական Բարձր կոմիսարության հրամանատարության հետ: 1920 թ. մարտից մինչև նոյեմբերի 1-ը Սահակ կաթողիկոսն իր թարգման Վ. Խուբեսերյանի և խորհրդական Զ. Պզտիկյանի ուղեկցությամբ մեկնում է Եվրոպա` Կիլիկիայի դատը պաշտպանելու նպատակով: Ավելին, 1921 թ. մայիսին կնքված Լոնդոնյան համաձայնագրից և հոկտեմբերի 20-ի Անկարայի ֆրանս-թուրքական դաշնագրից հետո, երբ ֆրանսիական զորքը լքում է Կիլիկիան, կաթողիկոսը ստիպված կազմակերպում է հայերի հերթական գաղթը Կիլիկիայից: Մերսինի նավահանգստից դեպի Կիպրոս, Սիրիա, Լիբանան, Պաղեստին, Հունաստան, Զմյուռնիա շուրջ 20 հազար հայերի տեղափոխումը կազմակերպելուց հետո միայն Սահակ կաթողիկոսը հեռանում է Հալեպ: Իր կաթողիկոսության տարիներին նա պարբերաբար լինում է Բեյրութում, Ալեքսանդրետում, Դամասկոսում, Տրիպոլիում, հանդիպումներ ունենում տեղի իշխանությունների, հոգևորականների հետ, այցելում գաղթականներին: Սահակ կաթողիկոսն իր աթոռանիստը վերագտնում է 1930 թ., երբ կաթողիկոսությունը վերջնականապես հաստատվում է Անթիլիասում: Մեծ է Կիլիկիո կաթողիկոսության և անձամբ Սահակ կաթողիկոսի դերն ազգապահպանման և ազգային վերածնության գործում: